Hic 挂载率不够
分析背景介绍
挂载率为挂载到染色体上的长度除以基因组总长。常见发表基因组挂载率为90%，组装过程中由于高杂合或者N90较小（碎的较多），会导致部分样本的挂载率不到90%，因此需要去除部分未挂载上的序列来降低分母以提高挂载率。
分析方法
- HIC挂载过程中，通过去除杂合序列（不过滤多重比对），从而提高挂载率；
- 去除污染序列，以提高挂载率；
- 等注释完，去除没有任何注释信息的较短的contig序列，来提高挂载率。
挂载率为挂载到染色体上的长度除以基因组总长。常见发表基因组挂载率为90%，组装过程中由于高杂合或者N90较小（碎的较多），会导致部分样本的挂载率不到90%，因此需要去除部分未挂载上的序列来降低分母以提高挂载率。
共有 0 条评论