RNA-protein 相互作用数据库-catRAPID

今天给大家分享的是如何使用catRAPID数据库来进行RNA-蛋白的相互作用预测。数据库网址：http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group，文章出处：catRAPID omics v2.0: going deeper and wider in the prediction of protein-RNA interactions （Nucleic Acids Res ,IF=14.9）

catRAPID数据库由来自意大利的 Gian Gaetano Tartaglia开发，catRAPID是一种用于预测蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。它基于物理化学原理，结合了二级结构，氢键和范德华力等因素，可以非常准确地估计蛋白质-RNA的相互作用强度。catRAPID包含catRAPID omics ，catRAPID signature，catRAPID interactions with large RNAs等模块，可以用于不同的场景和需求。下面以catRAPID omics 为例介绍一下这个模块的功能和操作步骤。

catRAPID omics v2.0
1）在网站首页点击对应的超链接即可进入该模块

catRAPID omics模块

2）在这个界面中，可根据自己的需求，选择不同的项目，catRAPID omics v2.1 [protein(s) VS transcriptome]指上传自己蛋白序列，以寻找与其相互作用的RNA组；catRAPID omics v2.1[transcript(s) VS RNA-binding proteome]指上传自己的转录本序列，以寻找与其相互作用的蛋白质组；catRAPID omics v2.1 [custom protein set VS custom transcript set]指上传特定的蛋白序列和转录本序列，预测两者的相互作用强度。

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3）我们以A转录本为例，寻找其相互作用蛋白组
先设置一些必要的参数，包括RNA类型，物种

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接着上传mRNA sequence（.fasta结尾的文件），或者直接粘贴序列于空白处也可，如果不写邮箱，则validate submission之后，提交查询即可，点击results后等待页面刷新(需要一段时间)

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4）如图，结果主要包括两部分，第一部分为图片格式，第二部分为表格格式

结果1:图片格式

结果2:表格格式

protein ID：就是预测到的蛋白，点击会进入到UniProt网站的相应蛋白页面。

RNA ID：就是我们输入的RNA，点击会显示该RNA的序列。

Interaction Propensity ：一种蛋白质（或区域）和一个RNA（或区域）之间相互作用概率的度量。

Z-score：基于相互作用倾向的平均值和相对于RNA长度的西格玛的动态Z评分归化。

Interaction Matrix：以热图的形式显示预测相互作用的蛋白质（y轴）和RNA （x轴）区域。热图的红色阴影表示单个氨基酸和核苷酸对的相互作用评分。

RBP propensity：蛋白质结合RNA倾向的量度。

RNA-Binding Domains：在蛋白质序列中发现的RNA结合结构域发生次数。

RNA-Binding Motifs：在RNA序列上发现的RNA结合基序的实例。

Conserved Interactions：基于相互作用倾向，对具有较高RBP倾向的蛋白质给予更高的优先级。

Ranking：分数是三个单独值的总和，即catRAPID标准化倾向、RNA/DNA结合域和无序区域的存在以及已知RNA结合基序的存在。

文献应用一：
题目：THOC3 interacts with YBX1 to promote lung squamous cell carcinoma progression through PFKFB4 mRNA modification
原文内容：catRAPID网站预测结果显示THOC3结合位点富集在PFKFB4 mRNA的3'UTR区

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图片：该文章使用的是Interaction Matrix

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文献应用二：
题目：ORC1 binds to cis-transcribed RNAs for efficient activation of replication origins
原文内容：

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图片：将ORC1 RIP-seq捕获的RNA分子的序列与ORC1蛋白质的序列输入到catRAPID中，以计算每对RNA-蛋白质之间的相互作用可能性，此处取的应该是z-score，对照组是polyA- RNA的RIP-seq结果。

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