1.annovar安装

https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/官网下载压缩包（注册后邮箱会收到下载地址）上传至服务器进行解压

mkdir annotation

可以看到目录下包含的文件

2.构建数据库**

annovar目录下新建数据库目录

mkdir species

上传fa与gff文件

2.1. 将基因组的注释文件转换为ANNOVAR所识别的格式

2.1.1gffread是一个用于处理GFF格式文件的工具，它可以从GFF文件中提取基因组注释信息，并将其转换为其他格式，使用gffread将gff文件转换为gtf文件

gffread species.gff -T -o species.gtf

2.1.2使用gtfToGenePred生成建库需要的 genePred 文件，使用annovar的retrieve_seq_from_fasta.pl软件生成转录组序列文件

gtfToGenePred -genePredExt species.gtf S_refGene.txt

2.2 将vcf文件转换为ANNOVAR格式

annotate_variation.pl程序需要一个简单的基于文本的格式，我们称之为ANNOVAR输入格式。convert2annovar.pl 脚本可以将其他“基因型调用”格式转换为ANNOVAR格式。-format vcf4 参数可用于将 VCF 文件转换为 ANNOVAR 输入格式，老版本使用-format vcf4 -allsample -withfreq代替，代码如下：

perl convert2annovar.pl -format vcf4 file.vcf >  file.avinput

3 .进行变异文件的注释（所有文件放在同一目录下）

annotate_variation.pl -geneanno -buildver species file.avinput annovar/

-geneanno/-regionanno/-filter分别对应于基于基因、基于区域和基于过滤的注释。常用基于基因注释结果文件：第一个文件variant_function包含所有变体的注释，第二个输出文件exonic_variant_function包含由于外显子变体而导致的氨基酸变化。

微信公众号生信小树同名