拟时序分析

单细胞转录组测序数据分析之拟时序分析简介 - 简书 (jianshu.com)

定义

拟时序分析，即根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育，但这里的时间并不是真时间，而是一个虚拟的时间，是指的细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。

为什么要进行拟时序分析

1. 机体为响应各种应激，其细胞会从一种功能“状态”转变为另一种功能“状态”
2. 当细胞在不同状态之间转变时，往往会经历转录重组，导致一些基因被沉默，一些基因被重新激活，但纯化这些瞬态细胞进行研究是很困难或不可能的
3. ScRNA-seq拟时序分析可以让我们在不需要纯化的情况下查看这些细胞状态

分析工具

Monocle是使用算法来学习细胞状态转变过程中每个细胞必须经历的基因表达变化序列，一旦了解了基因表达变化的整体“轨迹”，Monocle就可以将每个细胞放置在轨迹中的适当位置。

分析结果解读

见原文