蛋白序列的查找比对和同源性分析

这里以人类的Arl8b蛋白为例，目的是找出这个蛋白在其所在Small GTPase家族中与其它同族蛋白的相似性，并且绘制谱系发育树。

1.找到目的蛋白质序列和所在家族中不同subfamily的代表蛋白的序列

因为现在只比较人类基因组中的情况。所以只要在人类基因组数据库中搜索Arl8b就能找到了。

https://www.genenames.org

以fasta的格式拷贝到txt文档中，用同样的流程把同家族的subfamily的代表蛋白序列下载好。

将txt格式变为fas格式（只需将文件名的.txt改为.fas即可）

打开NCBI蛋白分析工具中的COBALT,导入刚才保存好的.fas文件，并点击Align

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi#

等待其完成运算后出现如下界面，点击右上角Phylogenetic tree.

出现如下界面，然后选择Max Seq difference 和Distance参数（箭头),然后点击Tools在下拉菜单中下载选择Newick file格式，保存文件）

将Newick file文件拖拽到mega软件中打开，并且选择Circle图形

可以在View中选择Option来调整字体，分支线和比例尺的格式。然后菜单栏中点击image保存为需要的格式。

从结果中我们可以看到虽然Arl8a和8b同在ARF subfamily一支，但是同ARF和其它AFL还是有区别，具体的区别在哪里，我还不太清楚怎么看，如果有知道的朋友可以留言。

在COBALT结果中，我们可以把比对的结果下载下来，然后用genedoc软件绘制多重序列比对图（参考：https://www.jianshu.com/p/d1542ef55326）

文件末尾以.aln结尾也没关系的，你甚至可以指直接更改为.fas也可以。反正都可以被genedoc读取。结果大概就是这样啦

然后你可以根据这个家族蛋白已知的motif及对应的功能做进一步的差异分析。一些重要的蛋白的突变定位三维结构等信息在uniport网站上都有，有必要的话可以综合起来分析的。