单细胞拟时分析：基因及通路随拟时表达变化趋势 - 简书 (jianshu.com)

文章链接早期复发性肝细胞癌生态系统的单细胞景观 - ScienceDirect

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单细胞转录组学分析揭示了肝星状细胞体外活化过程中的新细胞状态和切换基因 - PubMed (nih.gov)

背景： 肝星状细胞（HSC）向肌成纤维细胞的转化是肝纤维化过程中的关键事件。然而，HSC到肌成纤维细胞转化的分化轨迹以及在此过程中的转换基因仍不清楚。

方法： 应用单细胞测序数据在体外重建HSC转分化的单谱系伪时间轨迹，并分析沿轨迹的基因表达模式。GeneSwitch用于鉴定HSC激活过程中关键基因表达和功能事件的顺序。

结果： 在HSC激活过程中发现了一种新的细胞状态，属于这种状态的HSC可能是癌症相关成纤维细胞（CAF）的重要起源。将单细胞转录组学与GeneSwitch分析相结合，我们分别确定了HSC新状态和经典培养激活HSC的一些不同转换基因以及这些转换发生的顺序。基于顶级转换基因，我们建立了一个四基因组合，在预测非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）或乙型肝炎（HBV）患者的晚期肝纤维化方面表现出很高的诊断准确性。

结论： 我们的研究揭示了HSC激活过程中可能与CAF相关的新细胞状态，并确定了可能在HSC转分化中起关键作用的切换基因，并可作为慢性肝病患者晚期纤维化的预测标志物。