Fast-Higashi

摘要

单细胞Hi-C（scHi-C）技术可用于研究单个细胞中的三维（3D）基因组结构。然而，目前的scHi-C分析方法面临着数据质量和复杂的3D基因组模式等挑战。缺乏计算可扩展性和可解释性进一步增加了大规模分析的困难。在这篇论文中，一种名为Fast-Higashi的方法，它基于张量分解和重新启动的部分随机游走，具有超快速和可解释性的特点，可以从稀疏的scHi-C数据中联合识别细胞身份和染色质元相互作用。通过广泛的评估，Fast-Higashi相对于现有方法的优势，从而改善了对稀有细胞类型的描述和持续发育轨迹的理解。Fast-Higashi能够直接识别定义不同细胞类型的3D基因组特征，并有助于揭示基因组结构和功能之间的细胞类型特异性联系。此外，Fast-Higashi还可以推广并整合其他单细胞组学数据。总之，Fast-Higashi提供了一种高效且可解释的scHi-C分析解决方案，适用于广泛的生物环境。

Ultrafast and interpretable single-cell 3D genome analysis with Fast-Higashi: Cell Systems

image.png

ma-compbio/Fast-Higashi: single-cell Hi-C, scHi-C, Hi-C, 3D genome, nuclear organization, tensor decomposition