16s rRNA结构

大体结构如下：

摘自联川生物

不同物种高变区域起始和终止位置稍有不同。

16s rRNA二级和三级结构，doi: 10.1186/s12859-016-0992-y

16s rRNA序列提取

• 根据gff，基因类型只保留rRNA，剔除exon和CDS。github找到一个脚本.

• 16S rRNA预测工具barrnap.

注意16s rRNA多拷贝问题。

提取高变区

16S rRNA高变区计算参考doi: 10.1016/j.mimet.2007.02.005。文章大意是下载target species所有16S rRNA序列进行ClustalW多比对。