hi~大家好，这里是一只羊。
之前承诺录制单细胞转录组的详细流程，光是整合注释这一部分就录了16节内容。按照实际分析顺序——标准分析流程介绍（单样本）、多样本整合分析、差异分析、功能注释、添加celltype标签（及分样本/分组信息）、中间穿插着常见的可视化图。附赠有所有代码及测试数据，并非完全是开源代码！而是从学习及实际运用的角度，我自己整理所得！

前段时间就有机构找到我做单转的课程，只能说做培训的是真香啊！

但实际去看他们的课程表，从Linux、R、绘图、Python、Seurat、轨迹分析...两三天的时间里看似什么都教了，听完真的能会多少呢？

我记得刚上班的时候主管对我们说：“在这个领域做半年，才能说算是入门了”。我去年还专门写过这个事：

所以主打两三天教完全部的这种培训模式实在比较难以评价...

该系列视频上腾讯课堂时，有人问我：你这个光是整合注释，像别人那样的各种高级分析都没有呀？我回答：是的。但是对于完全没接触过单细胞转录组分析的人来说，基础分析才是最难的。打好基础，这个可能就需要几个月的时间。等你学习完，自己的数据注释完，其它高级分析我认为对那时的你来说应该不是什么难事。

《基础分析》系列，完整版一共是16节内容。但是因为平台定价问题，16节只能拆成上下两部分，可按需购买。

第一节：Seurat标准分析流程

这个视频录制于去年刚接触单细胞转录组分析的时候，按照Seurat官网介绍了单样本分析的流程，数据可从10x官网下载。

第二节：细胞周期评估

在分析单细胞数据时，同一类型的细胞往往来自于不同的细胞周期阶段，这可能对下游聚类分析，细胞类型注释产生混淆。
本视频介绍了两种方法计算细胞周期，并展示成降维图/堆叠柱形图。

第三-五节：多样本整合分析

很多情况下我们的数据不只有一个样本，这就需要考虑多样本怎么进行整合。而整合，又要考虑是否去批次、以及怎么去批次的问题。
这三节内容先前发在B站上也有很多人观看，分别是不去批次整合，CCA整合以及harmony整合。

第六节：污染处理之doublet分析

污染处理包括三个部分：doublet、污染、低质量细胞。进行这一步之后可以考虑是否去除掉一些影响下游分析的细胞。

第七节：SingleR自动注释

除了人工注释，还有一些自动/半自动的方法辅助我们判断细胞类型。SingleR基本原理是利用已知类型细胞的基因表达谱和单个细胞的基因表达谱的相关性进行细胞类型鉴定。当然，进行这一步需要一个已经进行过注释的数据作为参考。

第八节：cluster差异分析

对不同cluster找差异基因并可视化，是进行细胞注释之前的一步。本节内容介绍如何对不同cluster循环找差异基因并输出结果，并自动输出topN差异基因的多种可视化结果。

第九节：差异基因可视化

本节内容详细介绍了多种差异基因可视化方法及美化，dotplot、featureplot、热图、堆叠小提琴图。

第十节：差异基因可视化之复杂热图

本节详细介绍了复杂热图的画法，在添加细胞/样本/分组标签后能添加多层注释条，并添加上想展示的基因名。

第十一节：批量进行富集分析

利用第八节获得的差异基因文件路径，对每个cluster批量进行GO/KEGG富集分析。

第十二节：添加细胞标签

将分群结果和注释后的结果准备成文件，并添加celltype、sample和group列。

第十三节：DimPlot详细使用

本节详细介绍了DimPlot的一些隐藏用法。

第十四-十六节：可视化

这部分内容主要介绍了多种常见的可视化方式：降维图的美化、细胞占比条形图、饼图和甜甜圈图。

说了这么多，链接在哪？
在CCtalk搜索“单细胞转录组分析流程-基础分析篇”或“一只羊的生信课堂”就能找到它。

注：因为平台定价问题，《基础分析篇》只能分上/下两部分拆开。可按需购买。

单细胞转录组分析流程-基础分析篇【上】

单细胞转录组分析流程-基础分析篇【下】

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