在看指控的时候出现以下报错：

> pcovid_sn_1<-VlnPlot(covid_sn_1, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.mt"), ncol = 3)
Warning message:
In SingleExIPlot(type = type, data = data[, x, drop = FALSE], idents = idents,  :
  All cells have the same value of percent.mt.

搜到两篇解决的：Seurat 计算线粒体基因比例时，基因非MT-开头 - 简书 (jianshu.com)

单细胞测序分析R包Seurat质量控制小提琴图QC VlnPlot --关于MT的问题 - 简书 (jianshu.com)

Seurat可以利用PercentageFeatureSet计算线粒体基因比例并添加到meta.data，但是我们在使用

sce[["percent.mt"]] = PercentageFeatureSet(sce, pattern = "^MT-")

计算线粒体比例时，会遇到结果为0的情况。

其可能是由于比对时使用的gtf文件线粒体基因为非MT-开头。

image

image

那么，如何在seurat_object添加线粒体比例呢？

方案一：

#这里线粒体基因的名字可以查看你用的gtf文件里是哪些

MT <- c("COX1","COX2","COX3","ND1","ND2","ND3","ND4L","ND4","ND5","ND6","CYTB","ATP6","ATP8")

##table(grepl("^MT-",rownames(sce)))

#根据PercentageFeatureSet的function()源码做了修改

sce[["percent.mt"]]  = colSums(x = GetAssayData(object = sce,
 assay = "RNA", slot = "counts")[MT, , drop = FALSE])/sce[[paste0("nCount_","RNA")]] * 100

方案二：

在cellranger制备参考基因组前，把gtf文件里的线粒体基因添加“MT-”前缀。

作者：zhangsiyu
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来源：简书
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