所有使用数百万个细胞群的方法的一个主要局限性是，它们产生的数据始终是群体中每个单个细胞中发生的事情的平均值，这平均了样本中可能存在的细胞间变异性，因此可能会消除对亚群中有趣现象进行观察的能力。当涉及到肿瘤异质性或发育过程等问题时，这种变异性通常是生物学的一个重要特征。ATAC-Seq方法的最初发明者Jason Buenrostro及其同事着手通过调整ATAC-Seq协议使其与单细胞分析兼容来改进ATAC-Seq，并发表在《自然》杂志上。

他们最初的实验使用Fluidigm C1的微流体平台来帮助他们研究单细胞，但如今许多单细胞ATAC-Seq（scATAC-Seq）方案使用10X Genomics平台。分离单细胞后，用 Tn5 转座酶标记它们，并使用细胞识别条形码引物通过 PCR 扩增文库。在汇集这些库后，可以像往常一样对它们进行测序。

总之，这种方法改进了ATAC-Seq，使研究人员能够在单细胞水平上研究许多样本类型的生物学变异，这将导致对细胞异质性的分子基础有更深入的了解。

基础知识

1.细胞核：

2.染色体：

染色体结构

3.核小体：DNA和组蛋白形成的染色质基本结构单位。

核小体结构.png

4.组蛋白：
5.细胞核：
6.细胞固定及透化：
7.开放染色质：
8.Tn5转座酶:
9.ATAC-seq:

ATAC-seq原理