基因共线性可视化（待更新）

软件

1.JCVI
2.NGenomeSyn
3.synvisio在线工具：链接 https://synvisio.github.io/ （仅记录）
########################################################################

1.JCVI

1).下载地址：

JCVI就是python版本的McscanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version).

2).高亮的表示方法（染色体id少于5个，软件默认不显示id，即使指定展示id）

(1)除了可以在collinearity.anchors.simple前加上r*,b*,g*,y*，结果是高亮block，还可以选择RGB颜色https://www.sojson.com/rgb.html。例如：

#2A77AC*Bdi06G002880    Bdi06G003840    gene-LOC100123714       gene-LOC100123909  84      +
#2A77AC*Bdi06G006030    Bdi06G006610    gene-LOC100117357       gene-LOC100680538  51      +

(2)如果只想画1一对1的形式，高亮共线性基因对，即是1，2列相同，3，4列相同，可以自己多造任意对：

#2A77AC*Bdi06G002880    Bdi06G002880    gene-LOC100123714       gene-LOC100123714  84      +

3).修改染色体id和字体大小。

企业微信截图_16993513073608.png

2.NGenomeSyn

1)下载地址：

https://github.com/hewm2008/NGenomeSyn

/share/nas1/pengzw/software/NGenomeSyn-1.41/bin/NGenomeSyn -InConf in2.conf -OutPut LsL46_LsSal_LsAng.NGenomeSyn

3.synvisio

参考这个即可：https://www.jianshu.com/p/9325cc9bb848