目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast，beast2，r8s，paml的mcmctree，还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。目前呢，我是尝试使用了beast2，非常的慢，我84个物种接近50万AA (amino acids) 每100万代运算时间差不多27h，但是一般设置是1亿代也就是需要100多天，年都过完了。暂且不提，所以开始尝试MCMCtree和r8s，本篇就是mcmctree的使用记录。

1. 安装

make -f Makefile  
ls -lF  
rm *.o  
mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 mcmctree infinitesites ../bin  
cd ..  
ls -lF bin  
bin/baseml  
bin/codeml  
bin/evolver
echo 'PATH=$PATH:/home/dell/software/paml/bin/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

2. 文件的准备

网上常见的教程基本都在说MCMCtree用碱基序列来估算时间序列比较方便，陈连福也说了碱基序列更具有可靠性（这里我不是很理解，为什么碱基序列更具有可靠性），但是氨基酸建树的教程也有，在官方文档里边Toturial 4也是氨基酸的教程，主要参考的就是这俩。
需要准备三个文件
2.1 有根树的文件，不需要枝长，需要添加化石节点，化石节点的话是在相应的位置打个单引号，单位是MYA，也就是百万年，比如105个百万年到210个百万年，就是'>1.05<2.10'。
[站外图片上传中...(image-b5b0e1-1666680122635)]
这个文件可以通过RaxML构建的树bipartition提取出来，我不知道这么提取出来没有枝长的树，所以是提取了文件以后输入：

sed "s//:[0-9/.]//g" all.trees > all1.trees

2.2 序列文件，需要时phylip格式的
这一步很多都可以转，比如我有一个从钊哥那里继承的祖传代码：fas2phy.py

import re
with open('all.fa', 'r') as fin:
    sequences = [(m.group(1), ''.join(m.group(2).split()))
    for m in re.finditer(r'(?m)^>([^ /n]+)[^/n]*([^>]*)', fin.read())]
with open('all.phy', 'w') as fout:
    fout.write('%d %d/n' % (len(sequences), len(sequences[0][1])))
    for item in sequences:
        fout.write('%-20s %s/n' % item)

或者用R语言来弄：

library(devtools)
library(ape)
library(phylotools)

setwd("D://Agaricales5//all//divergencetime")
getwd()
data <- read.fasta("notall.fa")
dat2phylip(data, outfile = "notall1.phy")

然后因为有些序列之中包含了奇怪的氨基酸序列，比如B，U，这两个建议直接手动替换成X或者-，删除会缩减序列长度。因为肯定不会很多，批量删除的话容易把序列名称中的B和U改掉。
2.3 mcmctree.ctl文件
建议的是照着图中标红的区域对文件进行更改，其他的不建议动
[图片上传失败...(image-1a8a-1666680122635)]
mcmctree.ctl

          seed = -1
       seqfile = notall1.aa
      treefile = notall1.trees
      mcmcfile = mcmc.txt
       outfile = out.txt

         ndata = 1
       seqtype = 2  * 0: nucleotides; 1:codons; 2:AAs
       usedata = 3    * 0: no data; 1:seq like; 2:use in.BV; 3: out.BV
         clock = 2    * 1: global clock; 2: independent rates; 3: correlated rates
       RootAge = '<1.0'  * safe constraint on root age, used if no fossil for root.

         model = 0    * 0:JC69, 1:K80, 2:F81, 3:F84, 4:HKY85
         alpha = 0    * alpha for gamma rates at sites
         ncatG = 5    * No. categories in discrete gamma

     cleandata = 0    * remove sites with ambiguity data (1:yes, 0:no)?

       BDparas = 1 1 0.1    * birth, death, sampling
   kappa_gamma = 6 2      * gamma prior for kappa
   alpha_gamma = 1 1      * gamma prior for alpha

   rgene_gamma = 2 20 1   * gamma prior for overall rates for genes
  sigma2_gamma = 1 10 1    * gamma prior for sigma^2     (for clock=2 or 3)

      finetune = 1: .1 .1 .1 .1 .1 .1  * auto (0 or 1) : times, musigma2, rates, mixing, paras, FossilErr

         print = 1
        burnin = 2000
      sampfreq = 10
       nsample = 20000

3. 运行程序

基本上完成上面三个文件的准备就需要

# 最后使用
mcmctree mcmctree.ctl

在这里会发生一个报错：
[图片上传失败...(image-18a00d-1666680122635)]
这个是正常的，如下是官方教程所示：
[站外图片上传中...(image-50eb32-1666680122635)]

我们需要手动的把tmp0001.ctl文件按照图中所示进行更改，删掉“out.BV”和“rst”两个文件，并且把“wag.dat“从dat文件夹中拷贝到这个文件夹里就可以执行下一步了。

codeml tmp0001.ctl

这样就使用WAG+Gamma生成了适当的Hessian矩阵，接下来将rst2重命名为in.BV,现在可以更改mcmctree.ctl 的 usedata = 2

回到上一目录，新建一个文件夹，将 那三个文件和新生成的in.BV拷贝进去

接下来运行

mcmctree mcmctree.ctl

参考资料：

PAML的官方网站：
Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML) (ucl.ac.uk)

这一篇介绍了原理：
估算系统树分歧时间 —— paml.mcmctree,r8s | 生信技工
(yanzhongsino.github.io)

这几篇是介绍了MCMC估算的pepline：
mcmctree 定年 —— 使用氨基酸序列 (gitee.io)
mcmctree估算物种分歧时间 - 简书 (jianshu.com)
使用PAML进行分歧时间计算 | 陈连福的生信博客 (chenlianfu.com)
这一篇介绍了很多参数
PAML软件中的mcmctree命令估算物种分歧时间 - BPSO_mynotes - 博客园 (cnblogs.com)

这一篇介绍的比较全面，但是都没讲清楚：
【比较基因组】从进化树到分化时间 - 简书 (jianshu.com)

这一篇是介绍r8s的：
使用 r8s 估算物种分歧时间 | 陈连福的生信博客 (chenlianfu.com)