关于小鼠细胞鉴定

                             最新！国际首版关于小鼠细胞STR鉴定的相关指南

作为生物、医学基础研究中的第二常用细胞模型，小鼠细胞目前也面临着错误识别和交叉污染的问题。近些年，要求投稿时需提供小鼠细胞鉴定报告的SCI期刊在逐年增多。今年3月2日，国际细胞系认证委员会 (ICLAC, International Cell Line Authentication Committee)网站更新了细胞鉴定相关的文件资料，其中就增加了《小鼠细胞STR鉴定指南》。该指南可以很好地帮助我们学习和了解小鼠细胞STR鉴定相关的内容。

以下为ICLAC在2023年3月份发布的关于小鼠细胞STR鉴定的指南：

小鼠细胞鉴定指南

基于与人源细胞基因分型相同的原理，小鼠细胞鉴定联合协会建立并验证了一种小鼠细胞STR鉴定方法。这里只是简要介绍下这种方法，更详细的信息可以去查看由Almeida和Korch编写、由（美国）国家生物技术信息中心出版的实验指导手册。

概要

1.将样本细胞或其DNA送至具有丰富的检测经验、应用小鼠细胞鉴定联合协会验证过的方法来提供小鼠细胞STR鉴定服务的供应商。

2.将样本细胞的STR数据与供体来源及其他所有已知小鼠细胞系的STR数据进行比对。

3.在ICLAC的错误识别细胞登记表（Register of Misidentified Cell Lines）中检索下细胞系名称，以确认细胞系是否存在问题。

4.参考ICLAC的文件资料-《给科学家们的建议:使细胞鉴定成为日常细胞系培养的一部分》。

5.如果有疑问，可咨询ICLAC。

6.如果细胞系是错误的，请立即停止使用，并联系ICLAC以便更新和进一步研究该细胞系的信息。

更详细的信息和注意事项见下文。

小鼠细胞鉴定的正确开始

通常，细胞系应从可靠和保密的渠道获取，例如公共的主流细胞库。如果一个运行中的实验室使用细胞系，那么在新项目开始之前则应该确认其细胞身份。在开始实验和鉴定细胞系之前，应先通过检索细胞系名称来核实细胞系是否存在问题。这可以通过Cellosaurus数据库以及ICLAC的错误识别细胞登记表来完成，Cellosaurus数据库能够提供大量的细胞系信息，ICLAC的错误识别细胞登记表则专门关注错误/被污染的细胞系。

最新版本的Cellosaurus数据库及ICLAC的错误识别细胞登记表可在以下网址获取:

https://www.cellosaurus.org

http://iclac.org/databases/cross-contaminations/

这一步骤会提醒我们细胞系是否存在的问题，这可能会帮我们节省大量的时间和精力。不是通过公共细胞库而进入实验室的新细胞系应每次都进行STR鉴定。

A 用于STR分型的起始材料

1.实验室内部建系细胞的供体来源的DNA：

选择少量的供体来源的组织（如部分活检组织、剪断的尾巴等）冻存在液氮中。这些样本的DNA后期可用于证明（通过STR分型）细胞系来自于该供体来源。

2.细胞系DNA

可能的情况下，建议从信誉良好的、能够提供细胞系遗传表征信息和STR数据的供应商购买细胞系。当后期进行细胞鉴定时，这些STR数据可以用以进行数据比对。

在实验开始前和结束后都应该进行细胞鉴定。每批冻存细胞都应进行鉴定以为使用这些细胞系而做准备。。

      有些科学家选择在细胞冻存前进行STR鉴定，而有些科学家则选择在细胞冻存后进行STR鉴定。无论哪种方式，所有批次的冻存细胞在冻存时、使用或分发前都必须进行STR鉴定。细胞系拥有了确定的STR数据，就可以保证它们在可用期限内的可信度。

B 进行STR鉴定

STR鉴定可以在实验室内部自己做，也可以委托给外面的供应商。如果STR鉴定是常规性工作，且经验丰富的实验人员能够执行小鼠细胞鉴定方法中规定的标准，就可以在内部进行STR鉴定。商业化供应商可以在网上查找到（例如在搜索引擎中输入“小鼠细胞鉴定”或“小鼠细胞STR分型服务”）。选择的供应商必须能够在具有相应认证和质量保证的条件下提供快速且可靠的鉴定服务（关于国内供应商，苏州鉴达就是已经取得CMA资质的专业提供细胞STR鉴定服务的检测机构）。供应商应能够提供样本细胞的STR数据及实验过程中的质量控制数据。有些供应商要求提供样本细胞的DNA，而有些供应商对于细胞或细胞DNA都可以接收。有的供应商倾向于使用FTA样本（细胞液滴于FTA试纸），因为这样更利于在室温下运输和储存。单个T25培养瓶就可以提供足够的用以STR鉴定的细胞数量或DNA量。

C 当得出STR分型结果如何进行处理：STR数据比对

通过对一组STR位点进行多重PCR扩增，来获取样本细胞的STR分型数据。STR分型数据是由一系列数字组成，这些数字对应着该位点上每个等位基因的重复次数。小鼠细胞鉴定需要检测18个小鼠STR位点，另外还需要检测2个人源STR位点来确认是否存在人源细胞和非洲绿猴细胞污染。

下一步工作就是将样本细胞的STR数据与合适的参考数据进行比对，例如，细胞系供体来源的DNA。一个非常实用的小鼠STR数据比对工具就是Cellosaurus网站上的CLASTR（https://www.cellosaurus.org/str-search/）。Cellosaurus上的数据来源于NCBI生物样本数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/?term=mouse+cell+line+STR+profile%5Battribute+name%5D)，该数据库的小鼠STR数据都是经小鼠细胞鉴定联合协会验证过的。由于小鼠细胞都是高度近交系，且共享许多等位基因，因此尚未建立起精确的匹配算法。值得注意的是，人源细胞鉴定的匹配算法规则不适用于小鼠细胞。

比对细胞系时需要注意的几点:

1.为了完全确定一个细胞系是正确的，需要将它与相同来源的另一个样本进行比对。对于有些细胞系，并没有同一来源的其他样本。这种情况下，可以与数据库中的大量不同细胞系的STR数据进行比对，这样将会高度确保样本细胞不会被错误识别。

2.STR分型不能区分同一来源的细胞系。相同来源的所有细胞系会有相同或高度相似的STR数据。

3.同一来源的细胞系之间可能存在轻微的STR分型变异。这可能是由于随着细胞传代而发生的遗传漂变引起的，特别是在微卫星不稳定性的细胞系中。轻微变异也可能与实验室在鉴定方法或结果解读上的差异有关。

D 如何处理错误的细胞系

如果STR鉴定显示一株细胞系是错误的，应立刻将该细胞系全部丢弃，并通知其他所有的使用该细胞系的同事。如果你发现了新的细胞系存在交叉污染，通常可以发表你的发现。如果该细胞系正被广泛使用，且你认为它已经没有真正的原始株，那么发表这一发现将是有效警示其他人的重要举措。也请通过[email protected]联系ICLAC，以便将该细胞系添加到错误识别细胞登记表中。

受污染细胞系及细胞鉴定相关的数据库/资料，可见：

[if !supportLists]① [endif]ICLAC网址 http://iclac.org/

[if !supportLists]② [endif]错误识别细胞登记表http://iclac.org/databases/cross-contaminations/

[if !supportLists]③ [endif]《给科学家们的建议:使细胞鉴定成为日常细胞系培养的一部分》：https://iclac.org/resources/advice-scientists/

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