生信分析29：基于单拷贝直系同源基因构建物种进化树

本次推送是文献分享29的对应内容。

Fig 1

基因组和比较基因组相关的文章中，最常放的一个图是对该物种和其他近缘物种以及外群构建系统发生树（Fig 1），用来研究物种的进化关系及分化时间。

Fig 2

作者在方法部分对建树流程有非常详细的介绍（Fig 2），首先是收集近缘物种和外群的基因组信息，第二步是提取单拷贝直系同源基因（Single-copy orthologous genes），第三步是提取四重简并位点并计算物种分化时间（用到了化石时间校正），今天的推送将介绍这个流程。

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Fig 3

Fig 4

第一步 利用orthofinder软件鉴定单拷贝直系同源基因（Fig 3）

pep文件夹存储选定物种的蛋白序列（保留最长，Fig 4）

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Fig 5

第二步 建树（Fig 5）

可选择适合自己的建树软件和方法

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Fig 6

Fig 7

第三步 利用mcmctree估计物种的分化时间

所需文件：所有物种的CDS序列和蛋白序列+OrthoFinder的输出结果（Orthogroups.tsv和Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt）

按照代码依次准备好输入文件（Fig 6）、生成CDS水平的多序列比对结果（Fig 7）并运行mcmctree（Fig 8）

Fig 8

注意：extract_4d_phy.pl脚本可私聊后台。

Fig 9  mcmctree.ctl文件

运行最后一步后可生成FigTree.tre文件

Fig 10

Fig 11

Input.tree可以是第二步生成的树文件，但是要加入化石校正时间。可以从http://www.timetree.org/查询（Fig 10-11），并标记在树文件中。

最后可以利用ITOL等软件美化进化树。