群体杂技渐渗软件

基因型填充

- fillGenotype

- beagle

基因型填充(Genotype-Imputation)：从原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)

杂交渐渗：

- TWISST:https://github.com/simonhmartin/twisst

- DSUITE

- ABBA-BABA WINDOWS

- HyDe

- QuIBL

- PhyloNet网状进化

- Dfoil:https://www.github.com/jbpease/dfoil

Dfoil - 推断祖先基因流 - 简书 (jianshu.com)
越古老的渐渗片段通过重组和自然选择会越来越短，通过渐渗区域的长短可以判断基因流的时期。

- MSCquartets

- TICR

- D3

- Dp

建树软件合集参考：系统发育常见软件与在线工具合集 - 简书 (jianshu.com)

群体结构：

- finestructure

- structure

- admixture

- admixtools

- Dxy

- vcftools

- plink

- 遗传成分画图

https://mp.weixin.qq.com/s/dhgMn6G-_60-8b9ZOo8upA

mapmixture

群体历史：

- momi2

- msmc2

- psmc

- fastsimicoal2

基因功能富集：

- agriGO

-

文章

DETECTABILITY OF VARIED HYBRIDIZATION SCENARIOS USING GENOME-SCALE HYBRID DETECTION METHODS

该文章对检测杂交事件流行的软件和方法进行了评测，TICR,MSCquartets, HyDe, Patterson’s D-Statistic (ABBA-BABA), D3, and Dp。摘要里提到MSCquartets是最准的。